Funny Balloons berättar historien om ett barn som ger sig ut i skogen och blir kidnappad av onda krafter som fängslar honom i en mystisk värld. För att fly och ta sig hem igen måste han spela ett märkligt spel där han måste leda ballonger till olika områden. Varje område har en färg och en särskild poängnivå. Om ballongen leds in i ett område med samma färg läggs poängen till den totala poängen, annars dras de av. Målet med spelet är att uppnå en total poäng som är lika med målpoängen.
Spelet är förlorat om spelaren får en poäng som är högre än målpoängen eller överfyller ett område. Ett minispel mellan nivåerna låter spelaren spela ett spel med spelautomat där han kan vinna (eller förlora) poäng eller förmågor som används i huvudspelet. Spelet har 12 nivåer med ökande svårighetsgrad.