En ung kvinnlig magiker samlar juveler till sina magiska krafter i en mörk och dyster magisk skog. Hon måste samla magiska juveler som innehåller element som eld, jord, vatten och åska. Du måste hjälpa henne att samla dessa juveler, men du har bara 100 drag på dig att slutföra alla mål. För varje mål som slutförs kommer du att gå upp en nivå och tjäna fler poäng. Jewel Mysteries är ett mycket poängbaserat spel med mål och begränsade drag. Du måste ta bort juveler genom att klicka på grupper om 3 eller fler juveler. Om du gör en sammanhängande kombo på 7, kommer du att gå in i juvel BURST-läge. I juvel BURST-läge kommer du att få dubbla poäng.