I Voxel Bot spelar du som en robot som behöver rensa alla kuber på nivån. Genom att hoppa från kub till kub ändrar du kubernas färg och när alla kuber är lila har du klarat nivån. För att göra ditt mål svårare finns det fiender som du inte kan röra eller som försöker fånga dig. För att göra det ännu mer utmanande finns det spikar som slår ut när du är inaktiv för länge på en kub. Nivåerna blir mer komplexa ju längre du kommer i spelet. Nya mekaniker kommer att introduceras som en grön kub som låter dig röra dig längre och en kub som kan vara fast eller inte fast genom att trycka på en knapp.